يضم مركز قلقيلية الصحي عدة أقسام تقدم خدمات صحية متكاملة:

•  عيادة الطب العام والطوارئ والتي تشمل أيضاً التمريض والطوارئ.
•  قسم المختبر,
•  قسم الإسقبال والتسجيل.
•  قسم الأشعه والبانوراما.
•  عيادة صحة المرأة.
•  صيدلية ومستودع لاحتياجات المركز والمرضى وقسم الجراحة من الأدوية والمستلزمات.
•  قسم الجراحة اليومية ويشمل غرفة عمليات رئيسية وجناحين من غرف المرضى إحداهما للرجال وجناح آخر للنساء بسعة ثلاثة أسرة لكل جناح مجهزة بكافة التجهيزات الطبية التي يحتاجها مرضى العمليات الجراحية.
•  العيادات التخصصية الأسبوعيه ويشرف عليها أطباء تم التعاقد معهم وتشمل: عيادة الأنف والأذن والحنجره، وعيادة التصوير التلفزيوني، والمسالك البولية، وعيادة الأمراض الجلدية والعلاج بالليزر، والعيون، والعيادة النسائية وعيادة العظام، وعيادة الأمراض الباطنية والقلب وعيادة تصوير القلب. وعيادة التصوير التلفزيوني.
•  سيارة إسعاف لنقل الأخصائيين والمرضى لكافة أنحاء الوطن.