برنامج صحة المرأة يقدم خدمات الصحة الإنجابية والجنسية. ويرتكز هذا البرنامج على تمكين النساء بحقوقهن الإنجابية والجنسية وتعزيز دورهن في المجتمع، ويعتمد البرنامج على إستراتيجية العمل بالمشاركة المجتمعية وخاصة للنساء كأحد أدوات التغيير الهامة. والخدمات التي يقدمها البرنامج شاملة وتركز بشكل أساسي على الكشف المبكر للأمراض وخاصةً سرطان الثدي وعنق الرحم والتثقيف الصحي. يعمل البرنامج على تنظيم الأيام الصحية وإعداد التدريبات وورش العمل التي تتعلق بالمرأة وصحتها والتي تتناول جوانب حياتية وقانونية وحقوقية، إضافةً إلى إحياء يوم المرأة العالمي والحملة الوطنية لمناهضة العنف ضد المرأة من خلال التنسيق مع المؤسسات المحلية والوطنية، وينشط البرنامج بصورة فاعلة في منتدى المنظمات الأهلية لمناهضة العنف ضد المرأة، وفي الشبكة العربية النسوية رؤى، وشبكة جسور الإقليمية لتعزيز مشاركة المرأة في الحياة العامة وغيرها من اللجان والإئتلافات الوطنية.